Nuestro archivo parroquial, que cuenta con numerosos manuscritos de los siglos XVI, XUII y XVIII, habla por primera vez de un órgano parroquial, pero mucho más pequeño que el actual.

En 1.772 se acuerda vender el viejo órgano a la iglesia de San Javier y adquirir así otro de mayor envergadura que de más lucimiento a los actos litúrgicos.

En 1.779, Mathias Salanova, de valencia, comienza a construir el órgano actual. La caja se le encarga al tallista almoradidense Manuel Ortelano, y para supervisar la obra viene de vez en cuando Diego García, maestro tallista de Murcia y profesor de arquitectura. También se contrata al maestro ensamblador oriolano Manuel Sanz.

El órgano fue inaugurado el 30 de Noviembre de 1.780, festividad de San Andrés, patrón del pueblo de Almoradí y titular de su iglesia.

Pero el siglo XIX va a tener graves consecuencias para tan valioso instrumento, pues el terremoto que azotó la comarca en la primavera de 1.829 (21 de marzo), provocó junto con la irremediable pérdida de vidas humanas, la pérdida de gran parte del patrimonio de la iglesia. Asimismo quedó dañado el órgano, cuya caja primitiva ya no pudo reconstruirse.

Gracias al tenaz esfuerzo del Obispo D. Félix Herrero Valverde, pudo salvarse este valioso tesoro artístico; se salvó la totalidad del mecanismo interno del órgano, casi todo el conjunto de metal y gran parte de sus juegos de madera, pero los secretos quedaron inservibles y se hicieron nuevos.

Fueron el Obispo Herrero Valverde y D. Tomás Capdepón Martínez quienes obtuvieron de la Reina Isabel II la cantidad necesaria para rehacer el templo y rescatar de las ruinas el viejo órgano para reconstruirlo. La caja se hizo toda nueva, de satén nogal y boj. La consola, de ventana, lleva dos teclados de 48 notas. Las ocho contras abiertas al Órgano Mayor están accionadas con peanas. La trompetería de batalla es la primitiva, lo mismo que el Flautado, el Violón, la Trompeta Real, el Clarín, la Corneta y el Lleno. Posee pedal de ecos y tirador para el trémolo. Toda la lengüetería y los dos grandes fuelles de cuero son del S. XIX y está afinado un tono bajo respecto del diapasón actual. También cuenta con un valioso juego interior con aleación en plata de ley y que data al parecer del siglo XVI.

Otro aspecto destacable de esta maravillosa obra, es que la corriente romántica -que consintió en transformar los órganos sofisticándolos excesivamente según el gusto de la época- pasó de largo, pues las arcas estaban vacías a causa del seísmo y no se pudo invertir dinero en estos menesteres. Podemos alegrarnos por este hecho, pues de lo contrario no podríamos escuchar las piezas barrocas antiguas tal y como las concibieron sus autores, ni gozar de su interpretación con un instrumento de su misma época.

A esto hay que añadir que la Guerra Civil lo dejó intacto y que las restauraciones a que ha sido sometido han sido muy acertadas.